在中、苗、公子开明、暗盟合力之下，杀魔之局，棋差一着，元邪皇再度现世，六绝禁地接连被破，九界灾劫逼在眉梢，俏如来众人该如何阻止千年之魔的脚步，挽救人世？沉于暗处的势力，蠢蠢欲动，他们究竟是正？是邪？而在海境，鳞王昏迷不醒，掀起了皇权变动，这将会带领鳞族走向何种未来，于此同时，远在东瀛，剑无极、西剑流、面对复仇的残忍联盟，亦将各自恩怨情仇中，开启新的篇章…
故事发生在樱丘高中，围绕着由五个成员组成的轻音部展开。这支名为“放学后茶会”的乐队中，担任吉他和主唱的是天然呆少女平沢唯（丰崎爱生 配音），担任贝斯手的是稳重但容易害羞的秋山澪（日笠阳子 配音），担任鼓手的部长，是非常有活力的田井中律（佐藤聪美 配音），温柔热情的键盘手是琴吹紬（寿美菜子 配音），吉他手是学妹中野梓（竹达彩奈 配音）。新学年开始，除了小梓，大家都升上三年级，还被分到了同一个班级。然而要是再不招揽新成员入部，来年四名成员毕业离校，轻音部就要面临废部的命运了。 新学期樱高的各大社团都开始紧锣密鼓地招新，轻音部也使尽了各种办法，她们在新生欢迎会上的演出，能否吸引新人加入呢？K-ON!的青春故事在第二季中继续进行！
在下雪的寒冷天气裡，大野议员结识了一个双胞胎女孩水织诗织和沙织。哥哥失去了他家的钥匙，使两人陷入困境，直到他的母亲回到他家。那使我与水木家族建立了家庭般的关係。Bookmark上了烹饪课，Saori上了篮球俱乐部练习赛，而且没有一天他们两个在一起。而我的母亲白天不在工作。其中一个书籤或Saori独自在家中。这就是为什麽母亲要她哥哥不在时和他在一起。今天是用书籤回答的日子。书籤为他的兄弟送上了麵条。
基因石被毁，不料基因石能量逸出，飘散到地球各处，引发了异常现象：森林树木变得更茂密，湖泊海洋闪发着光，电力强化导致设备爆炸。由于基因源事故，武装战士变成变形机甲、生物进化为虫族、浩肯星人异化为变异战士，故事从变形机甲、机甲兽和变异战士三方之间的斗争展开。
