在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
在遥远的上古时期，拥有神秘力量的“东皇钟”被秘密封存，一分为四放于四处遗迹。如今，邪恶组织“猎影团”企图集齐神钟以掌控世界。为阻止这场浩劫，天才神探诸葛九九临危受命。她将携手两位性格迥异的伙伴——胶布与幽灵，组成精英夺宝小队，与猎影团展开一场横跨全球的夺宝竞速。从变异丛生的幽灵岛到黄沙漫天的沙漠金字塔，再到暗流涌动的都市舞会，他们必须破解千年机关，甩开致命追击，抢先集齐四块神器碎片，守护世界的和平。
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身负蛟龙血脉的李向天，被青梅竹马林菲儿勾结十大皇府之一的司徒血污蔑陷害，强行夺去了他的蛟龙血脉，将他关在铁牢挂在城墙三年，任人耻笑，打骂。幸好一位来自上位面的叶妃灵经过这里，收他为徒，带走了他的神魂，游历诸天万界几百年，收集功法秘技，增长见识。三年后，李向天神魂回体，携七条诸天最强血脉，十二种巅峰职业技能，三十六套万界至尊功法，七十二门玄妙最强绝技，一百零八道混沌法则强势归来！誓言要将曾经残害过他的人一个个踩在脚下。
前世身为青玄帝子、当代人皇的魏渊，转世为江南崔家罪奴后觉醒记忆，为保护妹妹魏月瑶，向陷害他的崔家复仇，并揭开前世被诸神背叛真相，最终突破修为绝巅。
家破人亡的落魄公主李长歌踏上复仇之路。
