五年的追逐化为泡影，随着X档案的关闭，福克斯·穆德（大卫·杜楚尼 David Duchovny 饰）和丹娜·斯科莉（吉莲·安德森 Gillian Anderson 饰）被迫调任处理一些平常的案件。某天，美国得州达拉斯市发生一起爆炸案。虽然穆德和斯科莉极力疏散写字楼内的人群，但爆炸还是夺取了4名无辜者的性命，他们也因此受到上级的指摘。然而事后不久，穆德便得知4名牺牲者早在爆炸之前便已死亡，所谓爆炸案不过是某个神秘部门为了掩盖证据而实施的骗局。该部门据说多年来一直从事外星人的研究，并且他们的研究足以导致人类的毁灭。两名搭档决定彻查此事，但是神秘且难以抗拒的力量无时无刻不在阻挠他们追寻真相的脚步…… 本片为同名美剧的第一部剧场版。
一个普通男人的秘密在他的辞职事件中开始显示出端倪。历史教授约翰奥德曼（David Lee Smith饰）说自己身上有一个让大家都匪夷所思的秘密，而为了保守这个秘密他不能在一个地方超过十年。他的朋友们试图去发掘他的故事中的秘密，这一举动让约翰非常生气，而他的朋友却发现约翰的故事是无法被否定也无法查证的，究竟约翰身上有着怎样的秘密？一幕幕碎片联系起来，带给我们一个意料之外的故事高潮。©豆瓣
故事设定在公元2050年，BrightSTAR企业发射太空船The Udo。太空船的任务是：用实验性纳米技术将矮行星Ceres地球化，使其气候、温度、生态类似地球环境。The Udo太空船上装有麦克风和许多摄像机，用来纪录太空船上五名人员在这趟深入太空的旅程之中的心理变化。AdaGray博士是一名太空生物专家，也是实验性纳米技术的发明者，与他同行的还有指挥官Phil King、Tom、爱说讽刺话语的Mitch Poe、以及帅气的法国飞行官Evan Durand。Evan虽然已经结婚，但他与AdaGray博士两人对彼此非常有好感。在这趟长达数年的太空旅程中两人的感情就像放入压力锅一样不断加压。而一场意外让太空船内的人员分别被困在数个逃生舱中，彼此仅能用图像沟通，紧张的气氛一触即发。更糟的是，他们自己创造出的科技怪物将危及他们的性命。
年轻的科学家塞斯（杰夫?高布伦 Jeff Goldblum 饰）刚刚发明一台能传送物体的“电动传送机”，这台机器能将物体分解，传送完成后再自动合成还原。兴奋不已的塞斯决定亲自体验一下电动传送，于是，他进入了传送仓。不幸的是，一只苍蝇这时也飞进了传送仓，于是，在机器将分解 后的塞斯的分子再合成时，将苍蝇的分子也合成到了塞斯的体内。塞斯成了拥有一半苍蝇基因的蝇人。 起初，塞斯的身体就像蜘蛛侠一样变得强壮和精力旺盛，他的女友维罗尼卡（吉娜?戴维斯 Geena Davis 饰）根本不相信男友的鬼话。但是，随着塞斯的身体迅速的渐渐老去，身体开始长毛，牙齿脱落，浑身冒浆，维罗尼卡渐渐接受了这个事实。她并没有遗弃男友，而是和他一起平静的接受了这个事实，即使他变得血肉模糊，她还是和他一起相拥而眠。
海星状的怪物，五头鲨（头部四个头、尾部一个头）入侵了波多黎各海滩，危及一片和平的天堂岛屿。水生物研究所的几个研究员准备活捉五头鲨，结果损失惨重。没办法的情况下，和警察联手，最后彻底炸死五头鲨。
