全球突然出现了很多来自宇宙巨大的“入口”，世界一片混乱、陷入危机。这些扭曲现实的入口为何出现，它们的另一端是？
五年的追逐化为泡影，随着X档案的关闭，福克斯·穆德（大卫·杜楚尼 David Duchovny 饰）和丹娜·斯科莉（吉莲·安德森 Gillian Anderson 饰）被迫调任处理一些平常的案件。某天，美国得州达拉斯市发生一起爆炸案。虽然穆德和斯科莉极力疏散写字楼内的人群，但爆炸还是夺取了4名无辜者的性命，他们也因此受到上级的指摘。然而事后不久，穆德便得知4名牺牲者早在爆炸之前便已死亡，所谓爆炸案不过是某个神秘部门为了掩盖证据而实施的骗局。该部门据说多年来一直从事外星人的研究，并且他们的研究足以导致人类的毁灭。两名搭档决定彻查此事，但是神秘且难以抗拒的力量无时无刻不在阻挠他们追寻真相的脚步…… 本片为同名美剧的第一部剧场版。
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影片以“末日”作为故事背景，讲述了几位主人公在拯救世界和自我救赎矛盾中的成长，是一部分歧与团结并存，友情与爱情交织的科幻主旋律的电影。
莎拉偶然发现了通过使用药物可以进行时间旅行，现在她必须回到一年前，以拯救她儿子免于一场致命事故。
美国国家科学研究所，一名重要的参议院和他的随从被邀请来此参观。他们参观的对象，是数名科学家潜心研究了多年的平行维度机器。该机器可以即时投影地球其他维度的兄弟星球，科学家们希望借此得到国家更多的资金支持。谁知实验过程中发生事故，平行维度机器发生爆炸，在场人员全部失去知觉。当他们相继醒来时，却发现一个凶恶丑陋的怪物在房间内穿梭。参议院大为光火，决定就此离开，难以置信的是实验室竟然跑到了一片原始丛林之中。显而易见，巨大的爆炸将他们带到了平行维度的世界。 由于机器损坏，他们暂时无法返回自己的世界，与此同时还要面对来自未知世界的各种威胁……
