上一部结尾，尼奥（基奴李维斯 饰）终于意识到自己的能力和使命，中弹复活后，变成了无所不能的“救世主”，他和女友崔妮蒂（凯莉·安·摩丝 饰），舰长墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 饰）回到了人类的基地锡安，受到人们的热烈欢迎。此时，“母体”决定先下手为强，派出了两万五千只电子乌贼攻击锡安基地；墨菲斯、尼奥和崔妮蒂则再次进入“母体”，寻找“制钥者”，准备从内部破坏；而本该被尼奥消灭的特勤史密斯似乎出了点问题，脱离了“母体”的控制，拥有可怕的复制能力，阻碍尼奥他们的行动。
今年是2005年。监狱系统由私营部门管理。商业大亨R.D. Crowley创建了一个虚拟现实监狱。在克劳利为他们设计的致命迷宫中，囚犯的身体被锁在了假死状态。克鲁利允许富有的运动员在与囚犯的致命虚拟现实战斗中，参与到价格上。将进入监狱并试图根除虚拟现实技术。他沉迷于虚拟现实女友，沉迷于虚拟现实。威尔被抓住并扔进了克罗利虚拟狩猎的致命时间旅行网。随着他们的生命危在旦夕，威尔和囚犯们必须逃离某些死亡，并摧毁虚拟现实监狱
五年的追逐化为泡影，随着X档案的关闭，福克斯·穆德（大卫·杜楚尼 David Duchovny 饰）和丹娜·斯科莉（吉莲·安德森 Gillian Anderson 饰）被迫调任处理一些平常的案件。某天，美国得州达拉斯市发生一起爆炸案。虽然穆德和斯科莉极力疏散写字楼内的人群，但爆炸还是夺取了4名无辜者的性命，他们也因此受到上级的指摘。然而事后不久，穆德便得知4名牺牲者早在爆炸之前便已死亡，所谓爆炸案不过是某个神秘部门为了掩盖证据而实施的骗局。该部门据说多年来一直从事外星人的研究，并且他们的研究足以导致人类的毁灭。两名搭档决定彻查此事，但是神秘且难以抗拒的力量无时无刻不在阻挠他们追寻真相的脚步…… 本片为同名美剧的第一部剧场版。
一个普通男人的秘密在他的辞职事件中开始显示出端倪。历史教授约翰奥德曼（David Lee Smith饰）说自己身上有一个让大家都匪夷所思的秘密，而为了保守这个秘密他不能在一个地方超过十年。他的朋友们试图去发掘他的故事中的秘密，这一举动让约翰非常生气，而他的朋友却发现约翰的故事是无法被否定也无法查证的，究竟约翰身上有着怎样的秘密？一幕幕碎片联系起来，带给我们一个意料之外的故事高潮。©豆瓣
故事设定在公元2050年，BrightSTAR企业发射太空船The Udo。太空船的任务是：用实验性纳米技术将矮行星Ceres地球化，使其气候、温度、生态类似地球环境。The Udo太空船上装有麦克风和许多摄像机，用来纪录太空船上五名人员在这趟深入太空的旅程之中的心理变化。AdaGray博士是一名太空生物专家，也是实验性纳米技术的发明者，与他同行的还有指挥官Phil King、Tom、爱说讽刺话语的Mitch Poe、以及帅气的法国飞行官Evan Durand。Evan虽然已经结婚，但他与AdaGray博士两人对彼此非常有好感。在这趟长达数年的太空旅程中两人的感情就像放入压力锅一样不断加压。而一场意外让太空船内的人员分别被困在数个逃生舱中，彼此仅能用图像沟通，紧张的气氛一触即发。更糟的是，他们自己创造出的科技怪物将危及他们的性命。
